snakemake

A GA4GH compliant Workflow-Execution-Service (WES) for Nextflow and Snakemake.

Deployment code for WESkit based on Docker-Swarm.

IMPORTANT: (1) This is for development only, (2) is not maintained and will be archived to be replaced by the k8s/helm deployment.

Projet réalisé dans le cadre de l'UE - Calculs parallèles et Programmation GPU, visant le retraitement des données de DNAse-seq produites par Gomez-Cabrero et al. en 2019 (https://doi.org/10.1038/s41597-019-0202-7) avec une approche snakemake sous serveur HPC.

A workflow for gene families and tandemly arrayed genes detection

Snakemake RNAseq processing pipeline (STAR or Salmon) via a SLURM cluster